人文社會科學學院
理工學院
管理學院
花師教育學院
藝術學院
原住民民族學院
環境暨海洋學院
洄瀾學院
師資培育中心
【人文社會科學學院】College of Humanities and Social Sciences
諮商與臨床心理學系
（學、碩士班）
華文文學系
（學、碩士班）碩士班創作組、碩士班文學暨文化研究組
中國語文學系
（學、碩、博士班）
英美語文學系
（學、碩、博士班）比較文學博士班、碩士班文學媒體組、碩士班英語教學組
臺灣文化學系
（學、碩士班）碩士在職專班
歷史學系
（學、碩士班）
經濟學系
（學、碩、博士班）
社會學系
（學、碩士班）
公共行政學系
（學、碩士班）碩士在職專班
法律學系（含原住民專班）
（學、碩士班）
華語文教學國際博士班
亞太區域研究博士班
華語文教學暨書法國際碩士班
【理工學院】College of Science and Engineering
應用數學系
（學、碩、博士班）統計碩士班、學士班數學科學組、學士班統計科學組
物理學系
（學、碩、博士班）應用物理博士班一般組、應用物理博士班國際組、應用物理碩士班一般組、應用物理碩士班國際組、學士班物理組、學士班奈米與光電科學組
生化暨分子醫學科學系
（學、碩、博士班）
化學系
（學、碩、博士班）博士班一般組、博士班國際組
光電工程學系
（學、碩士班）
電機工程學系
（學、碩、博士班）
材料科學與工程學系
（學、碩、博士班）博士班一般組、博士班國際組
資訊工程學系
（學、碩、博士班）碩士班資工組、碩士班國際組、碩士在職專班、學士班資工組、學士班國際組、人工智慧與創新應用碩士班
大數據科學國際學士班
（學士班）
【管理學院】College of Management
企業管理學系
（學、碩、博士班）碩士在職專班
運籌管理研究所
（碩士班）
國際企業學系
（學、碩士班）碩士在職專班、經營管理碩士在職專班
會計學系
（學、碩士班）
資訊管理學系
（學、碩士班）
財務金融學系
（學、碩士班）
觀光暨休閒遊憩學系
（學、碩士班）
高階經營管理碩士在職專班
（碩士班）
管理科學與財金國際學士學位學程
（學士班）
會計與資訊管理國際學士班
（學士班）
數位行銷與服務創新國際學士班
（學士班）
【花師教育學院】Hua-Shih College of Education
教育與潛能開發學系
（學、碩、博士班）教育博士班、教育碩士班、教育碩士在職專班、科學教育博士班、科學教育碩士班
教育行政與管理學系
（學、碩士班）碩士在職專班
特殊教育學系
（學、碩士班）身心障礙與輔助科技碩士班
體育與運動科學系
（學、碩士班）碩士在職專班
幼兒教育學系
（學、碩士班）碩士在職專班
多元文化教育碩博士班
（碩、博士班）
附設實驗幼兒園
【藝術學院】College of The Arts
音樂學系
（學、碩士班）
藝術與設計學系
（學、碩士班）
藝術創意產業學系
（學、碩士班）碩士在職專班
藝術跨領域國際博士班
（博士班）
【原住民民族學院】College of Indigenous Studies
族群關係與文化學系
（學、碩、博士班）碩士在職專班
民族語言與傳播學系
（學士班）
民族發展與社會工作學系
（學、碩士班）民族社會工作碩士在職專班
民族社會工作學士學位學程
（學士班）
原住民族樂舞與藝術學士學位學程
（學士班）
原住民族研究國際博士班
（博士班）
【環境暨海洋學院】College of Environmental Studies and Oceanography
自然資源與環境學系
（學、碩、博士班）
海洋生物研究所
（碩、博士班）
人文與環境碩士學位學程
（碩士班）
【洄瀾學院】College of Huilan
通識教育中心
藝文中心
體育中心
語言中心
華語文中心
縱谷跨域書院學士學位學程
【師資培育中心】Center for Teacher Education